Hoefer SUB Series - Manuale (Pagina 27)

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RNA mobilità
Prima o durante l’elettroforesi, RNA deve essere
denaturato. Per esempio,
• Frammenti di RNA che hanno denaturato con
gliossale e dimetil solfossido possono essere
separati su gel di agarosio neutri, oppure
• RNA può essere frazionato su gel di agarosio
contenenti idrossido metilmercurico o formaldeide.
I campioni di RNA di solito richiedono lunghe
percorrenze o tamponi che sono facilmente esauriti,
per cui è necessario far circolare il buffer. Analisi del
Nord non dovrebbe di norma essere eseguito su un
serbatoio mini gel.
Separazione delle prestazioni
Concentrazione Gel, tampone di corsa, tensione,
temperatura, conformazione, e la presenza di bromuro
di etidio influenzano tutti i risultati di separazione.
Gel Concentrazione Selection
La gamma di dimensioni di frammento da separare
determinerà la scelta della concentrazione di un gel
di agarosio. Tipica è la concentrazione di agarosio
0,5% al 3,0%. Per frammenti di DNA di grandi
dimensioni a bassa percentuale gel sono necessari,
mentre per i frammenti di DNA di piccole dimensioni,
ad alta percentuale gel sono raccomandati. Gel
deboli (<0,5% agarosio) dovrebbe essere elettroforesi
a basse temperature (ad esempio ~4 °C). Gel di
agarosio di 0,75% al 1,0%, per elettroforesi di
routine, sono raccomandati per una vasta gamma di
separazioni (0,15 a 15 kb). 2-4% gel di agarosio sono
generalmente selezionati per risoluzione frammento
di PCR.
Se il gel deve essere successivamente fotografato,
gel sottili (2-3 mm) con basse percentuali di agarosio
sono meglio di gel di spessore o alta percentuale.
Quest’ultimo produrre opacità aumentata e
autofluorescenza.